
Huvudkontoret, som leds av generaldirektören, består av fem staber och fyra avdelningar. Staberna är verksledningsstaben, ekonomistaben, personalstaben, kommunikationsstaben och säkerhetsstaben. De fyra avdelningarna är produktionsavdelningen, rättsavdelningen, IT-avdelningen och avdelningen för verksamhetsstöd.
Till huvudkontoret hör även allmänna ombudet, personalansvarsnämnden, internrevisionsenheten och skatterättsnämndens kansli. Skatteverket är också huvudman för Statens personadressregister, SPAR.
Skatteverket är en så kallad enrådighetsmyndighet, som i stället för styrelse har ett insynsråd. Myndighetschefen är ordförande i insynsrådet och håller rådet informerat om verksamheten. Insynsrådet ska utöva insyn i verksamheten och ge myndighetschefen råd.
Det är regionerna med sina skattekontor som hanterar skatteärenden för medborgare och företag, ärenden om folkbokföring, fastighetstaxering och bouppteckningar. De gör även brottsutredningar, utfärdar id-kort samt bevakar statens fordringar.
Regionerna består av sju skatteregioner och storföretagsregionen. Skatteregionerna är mittregionen, Mälardalsregionen, norra regionen, Stockholmsregionen, södra regionen, västra regionen och östra regionen.